在选择比较目录目录的对话框上，点击左下方【Folder:filter/文件夹:过滤器】处的【Select…/选择】按钮，然后在【File Filters/文件过滤器】选项卡中选中【Ignore git】，确定，即可。
进入比较后,这一项也有办法解决。点击菜单【Tools/工具】->【Filters/过滤器】后，同样在【File Filters/文件过滤器】选项卡中选中【Ignore git】，确定，然后刷新重新比较，亦可。